《孔府档案》中记载了大量孔氏族长等职官和纂修家谱的情况，以及孔氏宗谱、各省支谱、宗法族规、家族事务、优免孔氏差徭赋税等关于孔氏宗族的内容。自孔子之后的两千多年里，孔氏族属繁衍日众，从孔子到孔德成，已绵延七十七代，形成了一个庞大家族。其族属集中定居在曲阜者十余万人，其他遍及全国各州府县，并有少量流寓亚洲、美洲、欧洲、澳洲的20多个国家和地区。为了使族属代代不乱，长幼有序，老少尊卑各有条理，孔氏宗族逐渐形成了一套严格的规范条例。孔府利用族规统治族人。明清以来，既有衍圣公颁布的、各地孔氏族人都必须遵守的“祖训箴规”，又有流寓外地的孔氏族人结合本地实际情况在家谱中制定的家训。由于孔氏地位特殊，官府还代为制定经朝廷同意颁布的孔氏家规，孔氏族人需严格遵循、奉行。孔氏家族的族谱是中国历史上延续时间最长、包罗内容最丰富、谱系最完整的族谱。它从宋朝元丰年间首次成谱以来，一千多年谱系不乱，宗文亲疏关系井然有序。就世界范围而言，孔氏族谱不管是从连续时间上，还是族谱内容上，都能称得上是世界之最。族谱的功能直接关联着重要家族事项——宗祧继承制度。孔氏家族的宗祧制度，以血统为基础，又赋有政治色彩，形成我国史上独特的继承方式。孔府以孔府大宗为核心，形成了一个有宗庙、墓地、祀田、谱系、族规、族长的能够全面行使族权的庞大的孔氏宗族体系。严格的宗族制度，与谱牒的纂修紧密结合，体现了孔氏宗族特有的管理理念。